На латыни это слово множественного числа мужского рода. Логично (хотя совсем не обязательно), что и в русском языке в именительном падеже — «Помпеи», а в родительном — «Помпеев» (как «лицей — нет лицеев»).
За такой вариант выступают «Словарь собственных имен русского языка» Ф.Л. Агеенко и «Словарь трудностей русского языка для работников СМИ» М.А. Штудинера.
Однако в словаре А. А. Зализняка сказано, что это слово женского рода. А это значит, что в родительном падеже должно быть «Помпей» (как «идея — нет идей»).
В научной литературе ХХ века также распространено склонение этого названия как существительного женского рода.
Откуда взялся женский род? Самое время вспомнить «Последний день Помпеи».
Долгое время в энциклопедических и справочных источниках использовалось название «Помпея», то есть слово это было единственного числа женского рода.В этой форме оно приведено в Энциклопедическом словаре Ф.А. Брокгауза и И.А. Ефрона. И в названии картины Брюллова.
Однако с 1970-х годов в словарях и справочниках это слово дано в форме множественного числа.
Сейчас норма — множественное число. Но «из Помпеев» или «из Помпей»? За первый вариант — латинский род и словари Агеенко, Штудинера. За второй — традиция, возникшая под влиянием формы «Помпея», и словарь Зализняка.
