Если мы посмотрим на ствол дерева, то заметим, что он может быть толстым или тонким, стройным или корявым. Кора его может быть гладкой или шершавой, светлой или тёмной. Мы определим породу дерева, но не сможем сказать, как оно росло.
Если же мы посмотрим на спил, то по годовым кольцам сможем определить, как развивалось дерево, какой год был для него благоприятным, какой нет. Мы увидим не только годовые кольца, но и сердцевину.
С точки зрения современного русского языка мы выделяем в слове определённый корень. Но если посмотреть на историю слова, на то, как оно развивалось, то увидим, что корень можно выделить иначе.
Вот пример: с точки зрения истории языка слово знакомиться образовано от глагола знать. Но сейчас мы выделяем в нём корень знаком-.
Изучая происхождение слов, мы стараемся добраться до их сердцевины.